По варианту "2" нужно указать налогового агента, т.е. предприятие, где Вы работаете и, действительно, будете получать чистую зарплату без подоходного налога 13%. Но налоговый агент может быть только один, то есть если Вы работаете также и по совместительству (например,как и я - преподавателем) и по совместительству идет также неплохая зарплата, то предпочтительнее вариант "1", в этом случае Вы получите налоговый вычет, равный сумме налогов по всем местам работы.
По варианту "1" процедура такова - на сайте nalog.ru скачиваете программу заполнения декларации, берете на работе (работах) справки НДФЛ, готовите другие документы и подаете в свою налоговую. Они рассматривают дело в срок до 3-х месяцев и принимают решение о выплате. И только потом (во всяком случае - в моей налоговой) им нужно дать реквизиты счета, на который перечисляют вычет. Не обязательно сберкнижка, можно любую банковскую карту. В течение месяца деньги будут перечислены.