Вернулись к тому же с чего начали: что же всё-таки хрюкает?
А результат прошивки меня устраивает. Если, предположим, звук - это результат работы шестерен, то склонен думать, что зазор этот выдержан четко и соответствует норме (не на ВАЗе же собрано, а в Японии). Возможно взят запас на тепловое расширение? Т.е. и в самом деле ничего страшного. На сотнях тысяч авто по всему миру Caliber-Outlander-X-Trail-Lafesta-Delica и пр. стоит этот же вариатор. Разные скорее всего только прошивки. "Абсолютной таблеткой" будет только полная замена агрегата на агрегат следующего поколения